No ha escrito el trabajo con bibliografía. No referencias. No aparece la lista de proteínas codificadas por el fragmento de DNA, ni la secuencia de la proteína estudiada.
Key Words: Rhodococcus, arabynosiltransferasa.
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www.sciencedaily.com
Resumen: Rhodococcus sp. es un genero non-motil, aerobico, gram-positivo, filamentoso del phylum Actinobacteria. Estudio del gen que codifica para el enzima arabynosiltransferasa.Este microrganismo puede crecer en condiciones psicrofilas o mesofilas. Unas cepas de Rhodococcus tienen enzimas capaces de llevar a cabo reacciones muy importantes como la biodesulforilacion de combustibiles fossiles, la degradacion de polychlorinated biphenyls (PCBs), ademas tienen la capacidad de utilizar muchos compuestos organicos como fuente de energia. Es usado en la industria en la produccion de acrylammide y steroides bioactivos. Ultimamente ha sido empleado en EEUU para decontaminar aguas y suelos (bioremediacion).
Introduction: La arabinosiltransferasa es un enzyma implicado en la sintesis de la pared ya que actua en el proceso de sintesis del peptidoglucano. Es una proteina integral de membrana, su determinada actividad molecular es la de transferasa, transferendo grupos pentosiles. Es esencial para el desarollo de la pared celular.
Metodos y materiales: El aislamiento, el cultivo y la secuenciacion del genoma del microrganismo ha sido llevado a cabo por la Universidad de Leon, Departamento de Microbiologia. Por el analisis posterior de la proteina se han usado herramientas bioinformaticas.
Primers para amplificar el gen que codifica para la proteína de interés con colas de histidina para su rápida purificación. Las colas de histidina se encontran despues el codon de inicio (ATG) y antes del codon de stop (TAG)
Diseño de primers para realizar fusiones génicas entre la/s proteína/s de interés con la proteína fluorescente verde para estudiar su localización celular o su concentración a lo largo del crecimiento del microorganismo.
La proteina estudiata tendria que localizarse en la membrana con la presencia de unos peptidos liders.
A la Universidad de León por cedernos sus instalaciones. A la Università degli studi di Teramo por concederme la beca Erasmus. Al Dr. José A. Gil por impartir la asignatura y enseñarnos los conocimientos necesarios para realizar el presente trabajo. Por último a mis compañeros de asignatura que en ocasiones me han ayudado con las dificultades que he tenido.
No ha escrito el trabajo con bibliografía. No referencias. No aparece la lista de proteínas codificadas por el fragmento de DNA, ni la secuencia de la proteína estudiada.
Key Words: Rhodococcus, arabynosiltransferasa.
www.sciencedaily.com
Resumen: Rhodococcus sp. es un genero non-motil, aerobico, gram-positivo, filamentoso del phylum Actinobacteria. Estudio del gen que codifica para el enzima arabynosiltransferasa.Este microrganismo puede crecer en condiciones psicrofilas o mesofilas. Unas cepas de Rhodococcus tienen enzimas capaces de llevar a cabo reacciones muy importantes como la biodesulforilacion de combustibiles fossiles, la degradacion de polychlorinated biphenyls (PCBs), ademas tienen la capacidad de utilizar muchos compuestos organicos como fuente de energia. Es usado en la industria en la produccion de acrylammide y steroides bioactivos. Ultimamente ha sido empleado en EEUU para decontaminar aguas y suelos (bioremediacion).
Introduction: La arabinosiltransferasa es un enzyma implicado en la sintesis de la pared ya que actua en el proceso de sintesis del peptidoglucano. Es una proteina integral de membrana, su determinada actividad molecular es la de transferasa, transferendo grupos pentosiles. Es esencial para el desarollo de la pared celular.
Metodos y materiales: El aislamiento, el cultivo y la secuenciacion del genoma del microrganismo ha sido llevado a cabo por la Universidad de Leon, Departamento de Microbiologia. Por el analisis posterior de la proteina se han usado herramientas bioinformaticas.
Resultados:
Arbol Filogenetico del microrganismo
Primers usados en este trabajo:
Amplificacion del gen
Forward primer: TCAACGCGATGTTCGTGC
Reverse primer: AGCTGAGAAGAAACCAGCCTA
Primers for 1 (Entered)
These primers are for PCRPair-Anneal: 10
Pair-End-Anneal: 8
Total valid primer pairs: 104
These primers will amplify a fragment of 2993 basepairs
The sequence of DNA that will be amplified by these primers is
Amplificacion fragmento interno (600-1560)
Forward primer: TTCGGCTGGTACTACGACGT
Reverse primer: TTGATGCCGGACAACGACA
Primers for 1 (Entered)
These primers are for PCRPair-Anneal: 16
Pair-End-Anneal: 10
Total valid primer pairs: 50
These primers will amplify a fragment of 944 basepairs
The sequence of DNA that will be amplified by these primers is
Busqueda informatica de promotores
Terminadores
1) 445 bp despues el inicio del primer promotor (TAA)
2)1315 bp despues el inicio del segundo promotor (TAG)
Primers para amplificar el gen que codifica para la proteína de interés con colas de histidina para su rápida purificación. Las colas de histidina se encontran despues el codon de inicio (ATG) y antes del codon de stop (TAG)
Forward primer: ATGCATCATCACCATCACCAC
Reverse primer: CTAGTGATGGTGGTGATGATG
Analisis Proteina
Hidrofobicidad
Dominios Conservados
Dominio conservado de pfam04602, Arabinose_trans, Mycobacterial cell wall arabinan synthesis protein.
Diseño de primers para realizar fusiones génicas entre la/s proteína/s de interés con la proteína fluorescente verde para estudiar su localización celular o su concentración a lo largo del crecimiento del microorganismo.
La proteina estudiata tendria que localizarse en la membrana con la presencia de unos peptidos liders.
References: Pubmed, Expasy, MicrobeWiki - MicrobeWiki, www.sciencedaily.com.
AGRADECIMIENTOS:
A la Universidad de León por cedernos sus instalaciones. A la Università degli studi di Teramo por concederme la beca Erasmus. Al Dr. José A. Gil por impartir la asignatura y enseñarnos los conocimientos necesarios para realizar el presente trabajo. Por último a mis compañeros de asignatura que en ocasiones me han ayudado con las dificultades que he tenido.